Đoàn Thanh niên với 10 Chi đoàn/Liên chi đoàn cùng 283 đoàn viên thanh niên đang sinh hoạt. Trong nhiệm kỳ 2013-2016, Đoàn Thanh niên đã triển khai thành công Nghị quyết Đại hội lần thứ IX, với sự lãnh đạo, chỉ đạo, định hướng của Đảng uỷ, lãnh đạo Tổng cục, của cấp uỷ, lãnh đạo Vụ/đơn vị, Đoàn Thanh niên Bộ Tài chính, sự phối hợp chặt chẽ với các đoàn bạn và sự nỗ lực, phấn đấu của đoàn viên thanh niên, qua đó đã thu được nhiều kết quả đáng khích lệ như: Lần đần tiên Đoàn Thanh niên được nhận Cờ thi đua xuất sắc của Đoàn khối các cơ quan TW với những đóng góp cho công tác đoàn và phong trào thanh niên những năm vừa qua; Ban Bí thư TW Đoàn có chương trình làm việc trực tiếp với Đoàn thanh niên về phong trào “Ba trách nhiệm” – Trách nhiệm với bản thân, trách nhiệm với công việc và trách nhiệm với xã hội.

Công tác giáo dục chính trị, tư tưởng luôn được đẩy mạnh, đã có hơn 70 đoàn viên ưu tú được đứng trong hàng ngũ của Đảng, nâng tổng số đảng viên đang trong độ tuổi sinh hoạt đoàn lên 94 (chiếm 33%), nhiều đồng chí Bí thư đã được cơ cấu tham gia cấp uỷ theo tinh thần Nghị quyết số 01-NQ/ĐUTC ngày 26/2/2016 của Đảng uỷ Bộ Tài chính.

          Công tác chuyên môn nghiệp vụ, học tập nghiên cứu khoa học được xác định là nhiệm vụ trọng tâm cùng toàn ngành hoàn thành nhiệm vụ chính trị được giao, đoàn viên thanh niên luôn xung kích trong việc hoàn thành thắng lợi chương trình công tác của Tổng cục đề ra, đến nay đã có 108 đoàn viên có học vị thạc sỹ (chiếm 38%), nhiều đồng chí đã tham gia tích cực vào 6 đề tài nghiên cứu khoa học cấp Bộ Tài chính, cấp ngành Thuế; hàng trăm sáng kiến do đoàn viên thanh niên chủ trì và tham gia được Tổng cục Thuế công nhận; nhiều đồng chí đã vinh dự được tặng thưởng Bằng khen Chính phủ, Chiến sỹ thi đua ngành Tài chính...

Công tác phong trào, xã hội từ thiện luôn được đẩy mạnh, các hoạt động phối kết hợp với các đoàn bạn, đoàn các Cục Thuế theo khu vực được thực hiện qua đó tăng cường sự gắn kết, thúc đẩy hoàn thành tốt nhiệm vụ chuyên môn tại đơn vị. Hàng năm đã thực hiện quyên góp trong cơ quan Tổng cục và các Chi đoàn Cục Thuế hàng trăm triệu đồng, thực hiện khuyến học cho con cán bộ chiến sỹ đang công tác tại Đảo Nam Yết - Trường Sa…Nhiều giải thưởng cho các hoạt động thể thao được ghi nhận như các giải do Công đoàn Viên chức Việt Nam, công đoàn Bộ Tài chính tổ chức; vô địch giải bóng đá Bộ Tài chính, vô địch giải bóng đá ngành Thuế thủ đô…

Tại Đại hội, đồng chí Cao Anh Tuấn và 5 đồng chí Bí thư Đoàn cơ quan Tổng cục Thuế các thời kỳ đã vinh dự được đón nhận kỷ niệm chương “Vì thế hệ trẻ” - phần thưởng cao quý nhất của TWĐ TNCS Hồ Chí Minh cho những đóng góp đối với sự nghiệp đào tạo, bồi dưỡng thế hệ trẻ. Đây là sự ghi nhận, tôn vinh với sự quan tâm, định hướng của các đồng chí đối với thế hệ trẻ cơ quan Tổng cục Thuế.

Đại hội đã bầu ra 15 đồng chí đại diện cho sức trẻ, lòng nhiệt huyết tham gia Ban chấp hành khoá XI, qua đó sẽ triển khai thành công Nghị quyết Đại hội Đoàn cơ quan nhiệm kỳ 2017-2022.