Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Khối các cơ quan Trung ương được thành lập theo quyết định 2340QĐ/TWĐTN ngày 21/6/2007 của Ban Bí thư Trung ương Đoàn và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/7/2007. Hiện nay Đoàn Khối có 59 tổ chức Đoàn trực thuộc với hơn 92 nghìn đoàn viên đang công tác, sinh hoạt và học tập trong các cơ quan của Đảng, Quốc hội, Chính phủ, Mặt trận và các đoàn thể chính trị xã hội ở Trung ương. Là một tổ chức Đoàn tương đương cấp tỉnh, thành Đoàn trực thuộc Trung ương Đoàn song Đoàn Khối có nét khác biệt là không gắn với địa bàn dân cư, đặc biệt là không có hệ thống chính quyền cùng cấp. Đoàn viên thanh niên trong Khối chủ yếu là các cán bộ, công chức, viên chức có trình độ, trí tuệ... làm công tác nghiên cứu, tham mưu tại các cơ quan Đảng, Quốc hội, Chính phủ, Mặt trận và các đoàn thể chính trị - xã hội ở Trung ương trong việc hoạch định chủ trương, chính sách trên các lĩnh vực chính trị, kinh tế, văn hoá, xã hội, đối ngoại... Bên cạnh đó, Đoàn Khối có số lượng đầu mối trực thuộc nhiều và đa dạng: có 30 tổ chức Đoàn tương đương cấp huyện, 20 tổ chức Đoàn cơ sở và 9 Chi đoàn cơ sở. Trong đó 24 tổ chức Đoàn cấp huyện bố trí cán bộ chuyên trách; 4 tổ chức đoàn cơ sở bố trí cán bộ chuyên trách, còn lại là cán bộ làm công tác Đoàn kiêm nhiệm; mặt khác số lượng đoàn viên cũng không đồng đều, có tổ chức Đoàn trực thuộc có gần 5 nghìn đoàn viên nhưng có tổ chức Đoàn trực thuộc chỉ có 7 đến 8 đoàn viên, nên sự chỉ đạo hoạt động của Đoàn Khối đối với các tổ chức Đoàn cũng có sự khác biệt, theo đó phương thức hoạt động của các tổ chức Đoàn trong Khối cũng khác nhau tuỳ thuộc vào đặc thù của mỗi cơ quan đơn vị.
Sau khi được thành lập, Đoàn Khối từng bước ổn định tổ chức, kiện toàn bộ máy, tập trung chỉ đạo Đại hội Đoàn các cấp và tổ chức thành công Đại hội Đoàn khối lần thứ nhất (nhiệm kỳ 2007 – 2012); Đại hội Đoàn Khối lần thứ hai (nhiệm kỳ 2012-2017). Đồng thời, triển khai các hoạt động thu hút, tập hợp đông đảo đoàn viên thanh niên trong Khối tham gia, được đảng uỷ, lãnh đạo các cơ quan, đơn vị trong Khối ghi nhận và đánh giá cao.
Hiện nay, cơ quan chuyên trách Đoàn Khối có 5 ban, đơn vị (Ban Tổ chức - Kiểm tra, Ban Tuyên giáo, Ban Phong trào thanh niên, Ban Trường học và Văn phòng Đoàn Khối) với 22 đồng chí cán bộ chuyên trách.
Trụ sở Đoàn Khối các cơ quan Trung ương đặt tại số 105 Quán Thánh - Ba Đình - Hà Nội.
Thông tin về hoạt động của Đoàn Khối và các cơ sở đoàn trực thuộc Đoàn Khối các cơ quan Trung ương được đăng tải trên website Đoàn Khối tại địa chỉ: doankhoicoquantw.org.vn